Este abogado donostiarra falleció como consecuencia de un infarto de miocardio cuando varias personas intentaron secuestrarlo en su domicilio, en el barrio donostiarra de Gros. La víctima, que llevaba un marcapasos, opuso resistencia y su muerte pudo deberse al forcejeo con los atacantes. Fue la enfermera que acudía a su casa la que encontró el cadáver en la cama atado con cadenas.
Viudo y con dos hijos, Juan Caballero, nacido en Gibraltar, trabajaba como abogado en un importante bufete de San Sebastián, y también era uno de los fundadores de El Diario Vasco.
Uno de sus hijos, Francisco, había abandonado el País Vasco en 1982 tras un intento de atentado de ETA, y su otro hijo, Ignacio, se había negado a pagar el “impuesto revolucionario”.
Fallecido a los 81 años, Juan Caballero fue reconocido en 2000 como víctima del terrorismo.